Em 2001, foi eleita para a Academia Brasileira de Letras, para a cadeira 23, anteriormente ocupada por Jorge Amado, que teve Machado de Assis como primeiro ocupante e José de Alencar como patrono. No mesmo ano foi eleita para a Academia de Letras da Bahia e para a Academia Ilheense de Letras. Em 2002, tomou posse nas três.

Ao lançar seu primeiro livro, Anarquistas graças a Deus, Zélia Gattai recebeu o Prêmio Paulista de Revelação Literária de 1979. No ano seguinte, recebeu o Prêmio da Associação de Imprensa, o Prêmio McKeen e o Troféu Dante Alighieri. A Secretaria de Educação do Estado da Bahia concedeu-lhe a Medalha Castro Alves, em 1987. Em 1988, recebeu o Troféu Avon, como destaque da área cultural e o Prêmio Destaque do Ano de 1988, pelo livro Jardim de inverno. O livro de memórias Chão de meninos recebeu o Prêmio Alejandro José Cabassa, da União Brasileira de Escritores, em 1994.